در هسته صمغ زانتان زنجیره پلی ساکارید آن قرار دارد. ستون فقرات آن متشکل از واحدهای گلوکز است که از طریق پیوندهای 1،4 گلیکوزیدی به یکدیگر متصل شده اند تا یک زنجیره خطی و بلند را تشکیل دهند. ساختار خطی این ستون فقرات یک داربست پایدار برای کل مولکول فراهم می کند و آن را قادر می سازد آرایش بین مولکولی و یکپارچگی ساختاری خود را در محلول های آبی حفظ کند. دقیقاً همین ستون فقرات پایدار است که به صمغ زانتان اجازه می دهد ویسکوزیته قابل توجه و خواص رئولوژیکی عالی را حتی در غلظت های پایین از خود نشان دهد. مولکول زانتان که از واحدهای گلوکز خاص در امتداد این ستون فقرات امتداد یافته است، دارای زنجیره های جانبی تری ساکارید متشکل از مانوز، اسید گلوکورونیک و مانوز است. باقیماندههای اسید گلوکورونیک در این زنجیرههای جانبی دارای گروههای کربوکسیل (-COOH) هستند که میتوانند با یونهای فلزی مانند سدیم، پتاسیم، یا کلسیم، نمکها را تشکیل دهند و در نتیجه اسید زانتان را به صمغ زانتان تبدیل کنند. این زنجیرههای جانبی نه تنها ساختار فضایی و حلالیت مولکول را افزایش میدهند، بلکه صمغ زانتان را با ویژگیهای سیال غیرنیوتنی میبخشند. این بدان معناست که محلولهای آن در صورت قرار گرفتن در معرض نیروهای همزن یا برشی، سیالیت بیشتری از خود نشان میدهند، با این حال وقتی به حالت ایستاده میمانند، قوام خود را حفظ میکنند.
گروه های کربوکسیلات در صمغ زانتان در عملکرد مولکولی آن نقش اساسی دارند. صمغ زانتان با تشکیل پیوندهای یونی با یون های فلزی، مقاومت در برابر اسیدها، بازها و نمک ها و همچنین درجه خاصی از پایداری حرارتی پیدا می کند. این گروههای نمکی پایداری مولکول را در محیطهای آبی تقویت میکنند و آن را قادر میسازند تا ساختار کلوئیدی خود را در شرایط پیچیده حفظ کند و در عین حال طیف متنوعی از عملکردها از جمله امولسیونسازی، تعلیق و ضخیمشدن را ایجاد کند. در نتیجه، صمغ زانتان به طور همزمان به عنوان یک پلی ساکارید پلیمری و یک ماده مبتنی بر نمک عمل میکند و ارزش و کاربرد قابل توجهی در بخشهای غذایی، دارویی، آرایشی و بهداشتی و صنعتی دارد.
